闪光的夜袭

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总览

DNA甲基化研究一直是疾病研究的热门话题,并且与基因表达和表型性状密切相关。 RRBS是一种用于DNA甲基化研究的准确,高效和经济的方法。通过酶促裂解(Msp I)富集启动子和CpG岛区域,并结合亚硫酸氢盐测序,可提供高分辨率的DNA甲基化检测。

服务规格

应用领域

应用范围从转录调控到疾病的发病机理及其他发展途径。

For medical research:

  • 病理机制
  • 肿瘤亚型分类
  • 分子标记
  • 人类进化
  • 药物目标

For agricultural research:

  • 发展历程
  • 适应性
  • 农艺性状

好处

  • Unsurpassed data quality: We guarantee that ≥ 80% of bases have a sequencing quality score ≥ Q30, exceeding Illumina’s official guarantee of ≥ 75%.
  • 全面的数据分析:我们使用Bismark等行业标准软件和成熟的内部管线进行地图绘制,甲基化区域差异(DMR)分析,功能分析和数据可视化。
闪光的夜袭

样品要求

样品类型 所需金额 纯度
基因组DNA ≥ 1.5 μg OD260/280=1.8-2.0

测序参数与分析

平台类型 Illumina Novaseq 6000
读取长度 配对端150
推荐测序深度 ≥ 10Gb clean data per sample
标准数据分析
  • 数据质量控制
  • 与参考基因组比对
  • 5-mC识别的质量控制
  • mCs检测,甲基化水平计算
  • 不同结构序列的甲基化水平和频率分布
  • 差异甲基化区域(DMR),差异甲基化启动子(DMP)检测和注释
  • DMR相关基因和DMP相关基因的功能富集
  • 可视化BS序列数据

注意:有关详细信息,请参阅服务规格联系我们 用于定制的请求。

项目工作流程

采样& 测序策略:

1. Samples:
死后脑样本来自:
? depressed individuals who died by suicide with a history of severe child abuse, N=27
? depressed individuals who died by suicide without a history of severe child abuse, N=25
? psychiatrically healthy control subjects, N=26

2.图书馆准备工作:
RRBS文库和RNA-seq文库

3.排序:
Illumina平台,PE100和SE50

4.生物信息学分析:
差异甲基化分析(RRBS)和差异表达分析(RNA测序)

结果& 结论:

虐待儿童的表观遗传效应

图1.虐待儿童后前扣带回皮层的表观遗传适应。

1)在虐待儿童和对照组之间未发现广泛的DNA甲基化差异。
与对照组相比,虐待儿童组同时检测到甲基化过度和甲基化不足,这表明虐待儿童是双向调节扣带回皮层的表观遗传模式。与髓磷脂和少突胶质细胞直接相关的基因相交的三个甲基化程度最高的区域分别是:LINGO3,POU3F1和ITGB1(图1)。

图2.在NeuN +和Sox10 +核的分选群体中测量了DNA甲基化,重点是通过RRBS鉴定的差异甲基化基因座。

2)DNA甲基化模式是细胞类型特异性的
对于LINGO3和POU3F1,在虐待儿童组中甲基化水平降低已得到证实,并发现特别是在少突胶质细胞而不是神经元核中发生。在抑郁组中没有这些作用。但是,各组之间Sox10 +或NeuN +核中ITGB1的DNA甲基化无明显差异(图2)。

参考:Lutz P,Tanti A,Gasecka A,等。 A ssociation of a History of Child Abuse with Impaired Myelination in the Anterior Cingulate Cortex: Convergent Epigenetic, Transcriptional, and Morphological Evidence[J]. 美国精神病学杂志,2017,174(12):1185-1194。


图1基因组coverage.png的分布


图2整个基因组中的甲基化水平分布


图3染色体上甲基化密度的Circos图


图4基因功能区甲基化水平的热图分析-1.png


图5功能性遗传元件的甲基化水平分布概述


图6 KEGG富集scatter.png

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