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研究服务
小RNA测序

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Novogene提供全面的小RNA测序服务(sRNA-seq),以研究长度为18-40nt的非编码RNA的调控网络,特别是对于microRNA(miRNA)转录本。 miRNA的变异可能与基因沉默和基因表达的转录后调控相关,这为研究人员提供了一种以空前的敏感性和高分辨率来调控靶标mRNA的有效方法。 sRNA-seq的生物信息学分析通过高通量研究技术说明了miRNA的差异表达,结构改变和新型小RNA的发现。

服务规格

应用领域

  • 小RNA转录本的表达定量
  • 功能验证,例如基因敲除,miRNA基因的过表达
  • 高级分析:miRNA靶基因验证
  • 高级分析:piRNA鉴定和表达定量

好处

  • 数以千计的样品成功测序的丰富经验。
  • Unsurpassed data quality with a guaranteed Q30 score ≥ 85% that exceeds Illumina’s official benchmarks.
  • 使用主流软件和成熟的内部管道进行全面分析,以满足多种生物信息学要求。
  • 针对小RNA和mRNA表达水平的免费相关性分析,以研究调节网络。

样品要求

 

图书馆类型 样品类型 RNA完整性编号
(安捷伦2100)
纯度
(NanoDrop)
小RNA文库 总RNA ≥ 2 μg Animal ≥ 7.5, Plant ≥ 7, with smooth baseline;
OD260/280 = 1.8-2.2;
OD260/230 ≥ 1.8;
外泌体小RNA文库
外体RNA
≥ 20ng
峰值在25-200nt之间> 10,无高峰> 2000nt

测序参数和分析内容

平台类型 Illumina Novaseq 6000
读取长度 单端50
推荐测序深度 ≥ 10 million read pair per sample
标准分析(miRNA)
  • 数据质量控制
  • 长度分布摘要
  • 通用序列和特定序列摘要
  • 身份证明& miRNA的表征
  • miRNA的分类和注释
  • 定量化& 差异表达分析
  • 功能丰富分析

注意:有关详细信息,请参阅服务规格联系我们 用于定制的请求。

项目工作流程

采样:

Small RNA library: inflorescence tissues of three-week-old transgenic seedlings in Col-0 or the ilp1-1 mutant;
mRNA库:从在恒定白光下生长的7天龄幼苗中分离总RNA。

测序策略:

1. TruSeq小RNA文库制备试剂盒,SE50,使用Illumina Hiseq 2500
2. strand-specific mRNA library, 2 × 150-bp reads using the Illumina Hiseq X Ten platform

图1. ilp1-1和ntr1-1植物之间的重要剪接位点摘要和一些实例。
结论:

这项研究表明,ILS复合体的两个保守分解因子,即多倍体1-1D(ILP1)和NTC相关蛋白1(NTR1)的水平升高,通过促进MIRNA(MIR)基因的转录延伸,正调控microRNA(miRNA)的生物发生。拟南芥(图1、2)。 ILP1和NTR1形成稳定的复合物,并共同调节拟南芥基因组中一百多个基因的可变剪接,包括miRNA(pri-miRNA)的一些初级转录本(图3、4)。这些结果进一步揭示了剪接体机制在miRNA的生物发生中的调控作用。

整合的miRNA-mRNA分析揭示了中国滩羊卷曲羊毛特征的调控途径

背景:

谭羊是中国本土品种,以美丽的卷毛闻名。该绵羊品种的一个突出的品种特征是,羔羊和成年羔羊的卷曲程度明显不同,但是调节这种转变的分子机制仍然不很清楚。在这项研究中,我们通过miRNA-seq在两个阶段中鉴定了棕褐色绵羊之间49个差异表达(DE)的microRNA(miRNA),并将数据与我们之前的抑制消减杂交cDNA(SSH)文库研究相结合,以阐明其机制潜在的卷曲羊毛形成。

采样:

从四只中国谭羊(两只1月大的羔羊和两只48个月大的成年羊)的肩膀上采集皮肤组织。

测序策略:

NEB下一个?用于Illumina?Illumina HiSeq 2500/2000平台的多重小RNA文库制备套件。

图2.羔羊和成年羊之间miRNA表达差异的分析。
表1羔羊(L)和成年(A)组之间差异表达的miRNA。
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微小RNA L_readcount A_readcount Log2倍数变化 P值 调整
桨miR-148a 67, 574.96753 231, 061.6487 -1.7737 1.00E-09 0
桨miR-136 19.75893919 88.81995869 -2.1684 6.98E-10 2.81E-09
桨miR-150 50.50740147 235.578046 -2.2216 3.78E-11 4.18E-11
桨miR-29a 867.6115945 5480.855957 -2.6593 1.00E-09 0
novel_459 0 20.61202625 -5.3654 3.82E-06 1.82E-05

图3.基因本体论(GO)分析。
表2富含28种miRNA靶基因的KEGG途径在卷曲绒毛羔羊皮肤中的表达更高。

KEGG途径 计数 P值 校正后的P值
代谢途径 180 0.894548594 0.984724863
癌症的途径 66 0.179111564 0. 939563595
PI3-Akt信号通路 64 0.39499336 0. 939563595
HTLV-I感染 50 0.192543289 0.895292925
吞噬体 45 0. 0017584833 0.480065813
内质网中的蛋白质加工 43 0.007929522 0.545550536
肌动蛋白细胞骨架的调节 43 0.245615216 0.939563595
MAPK信号通路 42 0.630365388 0.939563595
结核 41 0.051840799 0.750257819
Ras信号通路 41 0.474634575 0.939563595
病毒致癌 39 0.270545221 0.947474735
癌症中的转录失调 37 0.104993737 0.779793658
甲型流感 37 0.185182388 0.939563595
胞吞作用 36 0.500604613 0.957112583
EB病毒感染 35 0.270987612 0.947474735
溶酶体 33 0.01255486 0.638411076
癌症中的MicroRNA 33 0.443228539 0.939563595
粘着斑 33 0.531854202 0.957112583
cGMP-PKG信号通路 31 0.425371479 0.939563595
AMPK信号通路 30 0.071269601 0.779793658
结论:

这项研究探索了miRNA在中国谭羊卷曲羊毛特征中的作用。这项研究代表了谭羊中mRNA和miRNA的全面分析,并提供了对卷曲羊毛的发展以及控制人类卷曲头发形成的潜在机制的详细见解。这些结果为阐明卷曲的羊毛和卷曲的头发发育的分子机制提供了重要的线索。

通过甘薯块根中小RNA和降解组测序发现花色苷生物合成相关的微小RNA及其靶基因

背景:

紫色肉甘薯(PFSP)是功能性食品开发的理想资源,因为其块根中积累了丰富的花色苷。一些研究表明,miRNA介导的表达调控在植物花色苷生物合成中起重要作用。但是,很少有人知道与甘薯块根中的花色苷生物合成有关的miRNA及其相应功能。

采样:

从WFSP(Xushu-18)和PFSP(Xuzishu-3)的块根提取的总RNA白河优菜

测序策略:

NEB下一个?用于Illumina?的多重小RNA文库制备套件,在Illumina Hiseq 2000平台上测序

数字。 4 XS-18和XZS-3中差异表达的miRNA。

数字。 5差异表达的ib-miRNA调控的靶基因的KEGG通路分析。
结论:

该结果代表了与甘薯中花色苷积累相关的miRNA的全面表达谱,并为理解结节作物中miRNA介导的花色苷生物合成调控网络提供了重要线索。我们的发现为花青素特异的miRNA及其靶标提供了全面的信息,以及在甘薯花青素生物合成中miRNA机理研究的起点。


sRNA长度分布


sRNA分类重复序列


miRNA结构


基于miRNA的偏倚


TPM箱线图


TPM密度分布


层次集群

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